Фамилия Нукша — редкий случай, где основа слова перевешивает суффикс. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ин, здесь нет типичного патронимического окончания, указывающего на отца. Сама фамилия стоит в чистой форме существительного, что выдает её возможное нерусское происхождение или очень древнюю, ещё допрóзвищную основу.

Скорее всего, Нукша — это русифицированная форма прибалтийско-финского или карельского родового имени. В карельском и вепсском языках есть слово «nukša» — «вялый, медлительный, сонный». Прозвище Нукша могли дать человеку с флегматичным характером, который не спешил, всё делал с ленцой. Такие прозвища были распространены в северных губерниях, особенно в Олонецкой и Архангельской, где контакт с финно-угорским населением был плотным.

Другая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с литовским словом «nukšti» (бить, колотить). В этом случае прозвище могло относиться к драчуну или человеку с тяжёлой рукой. Однако для фамилий, закрепившихся на русском Севере, финно-угорский корень выглядит убедительнее: географически Нукши встречаются именно в Карелии, Вологодской и Ленинградской областях.

Суффиксальная часть фамилии отсутствует, но в документах XIX века можно встретить вариант Нукшин — с типичным русским суффиксом принадлежности. Это подтверждает, что исходное прозвище Нукша было самодостаточным и не требовало дополнительного оформления. Фамилия Нукшин — более поздняя, образованная по стандартной модели от той же основы.

По сословной принадлежности Нукши — почти исключительно крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией нет. В переписных книгах Олонецкой губернии конца XVIII века упоминаются крестьяне Нукши в деревнях на берегу Онежского озера. Вероятно, предки современных носителей фамилии занимались рыболовством и лесным промыслом.

Однокоренные фамилии — Нукшин, Нукшинов — встречаются реже и, скорее всего, являются ответвлениями от общего корня, но с разной географией. Если Нукша указывает на прямое прозвище, то Нукшинов — уже искусственное образование, возможно, канцелярское, когда писарь добавил суффикс для «благозвучия». Сегодня фамилия остаётся редкой: в России её носят не более пары сотен человек, преимущественно на северо-западе страны.