Фамилия Нускеева — редкий случай, когда географический ключ оказывается важнее морфологического. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования от отчества или прозвища, но сама основа фамилии — нерусская, тюркская. Носители фамилии сосредоточены в Поволжье и на Урале, особенно среди башкир и татар, что сразу подсказывает путь разбора.

Основа «Нуске» восходит к тюркскому личному имени Нуске (варианты — Нуске, Нюске). В башкирском и татарском именослове это имя имеет два возможных корня. Первый — от арабского «нусх» (копия, список, экземпляр), которое в мусульманской культуре могло означать «точный», «подобный», «следующий образцу». Второй, более прозаический, — от тюркского «нуска» (образец, пример, модель). В любом случае имя Нуске могло даваться ребёнку с пожеланием быть похожим на кого-то из родственников или как «образцовый», «правильный».

Фамилия образована по стандартной для русской среды схеме: к основе добавили суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Это типично для фамилий крещёных татар и башкир, которые в XVIII–XIX веках массово получали русские окончания при оформлении документов. Так Нуске стал Нускеевым, а женщина — Нускеевой.

Встречается также вариант Нускеев (с твёрдым окончанием), но написание через двойное «е» — Нускеева — закрепилось в метрических книгах и паспортных записях как стандартное. Ударение в фамилии, судя по говорам, падает на второй слог: Нускéева.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает ареал: Нускеев, Нускеевых, Нускин — все они фиксируются в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или служилыми людьми из тюркских общин, принявшими православие или сохранившими ислам, но получившими русскоязычные документы.

Никаких сведений о дворянском происхождении или широкой известности фамилии Нускеева нет — это фамилия локальная, бытовая, но именно поэтому она сохранила прямую связь с конкретным именем-прозвищем, а не с абстрактным ремеслом или местностью.