Фамилия Нускаева — женская форма фамилии Нускаев, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Нускай. Строение фамилии нестандартное для русского ареала: суффикс -ев указывает на типичную русскую модель присвоения по отцу («чей сын?» — Нускаев), но основа Нускай скорее всего нерусская. Скорее всего, мы имеем дело с фамилией, возникшей на Кавказе или в Поволжье, у народов, где личные имена часто заканчиваются на -ай (Исраил — Исраилай, Хасан — Хасанай, Муса — Мусай). В таком случае Нускай — это усечённая или адаптированная форма какого-то мусульманского имени, например, Нурускай (от Нурулла + уменьшительный тюркский аффикс -кай/-гай) или Нусрат (араб. «помощь, победа»). Со временем имя Нускай закрепилось как фамильное прозвание, и при переходе в русскую документацию к нему добавили фамильный суффикс -ев.

По географии фамилия редкая и тяготеет к Северному Кавказу (Чечня, Ингушетия, Дагестан) и к казачьим областям, где смешивались русские и горские фамилии. Встречается также у татар и башкир, но там более вероятна форма Нускаев, а не Нускаев. Второй вариант написания — Нускаева — может встречаться у русских женщин, вышедших замуж за носителя фамилии, но чаще это просто фиксация женского рода в документах.

Если исходить из тюркской версии, то корень «нус» может восходить к арабскому «нуср» (помощь) через тюркское посредничество. В таком случае Нускай — «тот, кто помогает», «помощник». Если же основа — от имени Нурускай, то значение — «светлый, лучезарный» (от араб. «нур» — свет). Обе версии правдоподобны, но вторая встречается в кавказской антропонимике чаще. Окончательно установить значение можно только по семейному преданию или архивной записи, потому что фамилия не массовая и не имеет единого словарного толкования.