Фамилия Нускин — один из тех случаев, когда привычная русская модель образования (суффикс -ин) скрывает неочевидную основу. Вопреки ожиданию, корень здесь не «нус» и не «нуска», а, скорее всего, усеченная форма личного имени или прозвища.

Самая вероятная версия связывает фамилию с уменьшительной формой канонического имени Иона. В просторечии имя Иона могло звучать как Ионус, а в бытовой речи — сокращаться до Нус или Нуска. Соответственно, Нуска — это ласкательное обращение к человеку по имени Иона, а Нускин — «сын Нуски» или «человек из рода Нуски». Такое стяжение (отпадение начального гласного) — норма для русской антропонимии: ср. фамилии Невзоров (от Евзор), Назаров (от Аназар) и т.д. Менее вероятно, хотя и не исключено, происхождение от прозвища Нуска, связанного с диалектным словом «нус» — в некоторых говорах так называли нытика или брюзгу. Однако для фамилии Нускин прозвищная версия слабее: суффикс -ин в данном случае проще объяснить как притяжательный от имени, а не от прозвища.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия сформировалась в северных и центральных регионах России, где эта модель была основной. В южных и западных областях предпочли бы форму Нусков или Нускенко. Географически Нускины встречаются нечасто, но в переписных книгах XVII–XVIII веков могли фиксироваться в среде крестьян и посадских людей, не имевших наследственных фамилий — тогда «Нускин» еще было отчеством.

Интересная деталь: фамилия Нускин стоит в ряду редких образований от библейских имен, которые в народной речи прошли через сильное сокращение. В этом она схожа с фамилиями Невский (от Иев, Иевский), Наумов (от Наум, но без «искусственного» суффикса) или Кузьмин (от Козьма). Разница в том, что основа Нуска почти не сохранилась как самостоятельное имя — это делает фамилию своеобразным «археологическим» свидетельством исчезнувшей формы.