Фамилия Нутова — женская форма фамилии Нутов. В русской традиции такие фамилии образовывались от мужских с помощью суффикса -а, указывая на принадлежность к роду: жена или дочь Нутова. Сама же мужская фамилия — типичная модель на -ов, то есть «чей?» — «сын Нута» или «внук Нута». Основа здесь — прозвище или мирское имя Нут.

Корень «нут» в русском языке неочевиден. Самое прямое объяснение — связь с глаголом «нудить» (понукать, принуждать, заставлять) или с существительным «нуда» — нудный, докучливый человек. В диалектах «нута» могло означать «нудный, надоедливый» или, наоборот, «упрямый, настойчивый». Прозвище Нут могли дать человеку с тяжелым характером, который постоянно «нудит» или не отступает от своего.

Есть и более редкая, но правдоподобная версия — от названия растения. В некоторых говорах «нут» — это турецкий горох, бараний горох (Cicer arietinum). Прозвище Нут мог получить крестьянин, который выращивал эту культуру, торговал ею или просто отличался любовью к ней. Эта версия менее вероятна, чем прозвищная от «нуды», но полностью исключать её нельзя — прозвища по растениям в русской ономастике встречаются часто.

Фамилия Нутов (и Нутова) — редкая. Она не относится к числу распространенных дворянских или купеческих фамилий, а скорее всего, возникла в крестьянской или мещанской среде. Географически могла закрепиться в южных регионах России, где выращивали нут, или в центральных областях, где бытовали диалектные слова «нуда» и «нута». В любом случае, основа фамилии — не книжная, а живая, разговорная, из народной речи.