Фамилия Нутина — женская форма фамилии Нутин, которая принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ин. Такие фамилии обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я: прозвища, имени или названия профессии матери или отца. В случае с фамилией Нутин корень «Нут» — самый интересный и неочевидный элемент.

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища Нутя или Нута. В русских говорах слово «нута» имело несколько значений. В архангельских и сибирских диалектах «нутой» называли низкорослого, тщедушного человека, слабака. В других областях «нута» — это утка-нырок или вообще водоплавающая птица. Прозвище могли дать либо за внешний вид (худой, щуплый), либо за повадки (суетливый, ныряющий в работе или в быту). Второе значение встречается реже, но не исключено: прозвища от названий птиц в русской ономастике очень часты.

Менее популярная, но возможная версия — связь с церковным именем. В святцах есть имя Нута (Нут), которое восходит к латинскому «nutus» (знак, кивок). Это имя было редким, встречалось в монашеской среде. Если предок был выходцем из духовного сословия, фамилия могла закрепиться за учеником семинарии или сыном священника. Однако массового распространения этот вариант не имел.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Нутин, то есть сын Нути или человек из рода Нути. Такая модель типична для северных и центральных губерний России. Географически фамилия Нутин (и Нутина) чаще всего встречается в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — как раз там, где слово «нута» в значении «хилый человек» было в ходу.

Интересная деталь: фамилия Нутина не имеет отношения к слову «нутро» или «нутрия» — это народная этимология. Корень здесь короткий, и в старых переписях фамилию могли записывать на слух как Нутинъ, с твёрдым знаком на конце. В некоторых документах XIX века встречается вариант Нутинов, но это уже вторичная форма, возникшая под влиянием более частых фамилий на -ов.