Фамилия Нутин — одна из тех, что ставит перед исследователем выбор между несколькими версиями. Самая очевидная и распространённая в русской ономастике связывает её с каноническим именем Нут. Да, такое имя действительно существовало: это сокращённая форма от Арсений, Ануфрий или Евтихий, где отсекалось начало, а остаток превращался в Нут. От него через простой суффикс принадлежности -ин и образовали фамилию: Нутин буквально означал «сын Нута», то есть потомок человека, которого в быту звали Нутом.

Однако есть и менее очевидный, но не менее реальный путь. В некоторых говорах «нута» или «нутка» — диалектное название для коровьего вымени. Прозвище Нута могли дать полному, дородному человеку, либо, наоборот, тому, кто пас скот или доил коров. Такие прозвища от частей тела или бытовых предметов в крестьянской среде были обычным делом. Если фамилия возникла именно так, то её носитель — потомок человека с характерной внешностью или профессией.

Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ин указывает на принадлежность первому носителю прозвища или имени. Это типичный патроним (отчество), застывший в фамилии. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный (Иван — Иванов), -ин закреплялся за основами на -а, -я (Нута, Илья — Ильин). Так что по форме Нутин — классическая русская фамилия северных и центральных регионов.

Географически фамилия встречается не слишком часто, но имеет устойчивое ядро в Поволжье и на Урале. В переписях XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с таким прозвищем, что говорит о её давнем бытовании в простонародной среде. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия крестьянская или мещанская, что подтверждает её прозвищное происхождение.

Любопытно, что фамилия Нутин не имеет отношения к слову «нутро» или «нутрия», как иногда думают. Это народная этимология, которая возникает из-за созвучия. На деле корень здесь либо древнерусское имя, либо местное слово, вышедшее из активного употребления.