Фамилия Наутин — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, прозрачна, но при ближайшем рассмотрении даёт сразу несколько версий. Ключ к разгадке — в суффиксе. Форма Наутин (с -ин) указывает на происхождение от личного имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я: Наута. Вопрос в том, что это за Наута.

Самая прямая и распространённая версия связывает фамилию с диалектным словом «науть» — то есть «научить», «вразумить», «наставить на ум». В этом случае Наутой могли прозвать человека рассудительного, поучающего других, или, наоборот, того, кто сам нуждался в наставлениях — с ироничным оттенком. Однако в русских говорах есть и другое значение: «науть» могло означать «надеть», «обуть». Тогда Наута — это, возможно, прозвище сапожника или человека, который всегда был одет с иголочки. Оба варианта правдоподобны, и без точной географической привязки предка выбрать между ними сложно.

Существует и менее очевидная, но интересная гипотеза: Наутин может быть фонетическим вариантом фамилии Наумов. В некоторых говорах, особенно на северо-западе Руси, звук «м» перед гласным мог переходить в «в» или вовсе выпадать, а имя Наум (от древнееврейского «утешитель») в бытовой речи сокращалось до Наута. Эта версия объясняет редкость фамилии: она возникла не от нарицательного слова, а от канонического имени, но в местном, искажённом произношении, которое позже закрепилось в документах.

Словообразовательная модель типична для русского севера и центра. Фамилия Наутин, скорее всего, крестьянская или мещанская — такие «простые» прозвищные фамилии редко встречались у дворянства. Её носитель, живший в XVI–XVII веках, мог быть либо грамотным наставником в своей общине, либо ремесленником, либо просто человеком с необычным именем, которое со временем забылось, оставив след только в фамилии.