Фамилия Нуяндина — женская форма, мужской вариант — Нуяндин. Встречается в основном на Русском Севере, в частности в Архангельской и Вологодской областях, что уже наводит на след её происхождения.

В основе фамилии лежит прозвище Нуянда. Скорее всего, оно связано с диалектным глаголом «нуяндать» — в северных говорах это значит «ныть, хныкать, жаловаться, канючить». Человек, получивший такое прозвище, мог быть капризным, постоянно недовольным или надоедливым. Слово «нуянда» могло означать и самого нытика, и плаксивого ребёнка. Фамилия образована по классической модели: к основе на -а/-я добавляется патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Нуяндин, то есть сын или потомок Нуянды.

Менее вероятна, но возможна связь с финно-угорским субстратом, который сильно повлиял на северные говоры. В коми-зырянском языке есть слово «нюй» — «гнилой, сырой», а «нюянда» могло означать болотистое, топкое место. Если прозвище дали по месту жительства, то Нуяндой могли называть человека, живущего у сырого низинного места. Однако этот вариант сложнее объяснить с точки зрения словообразования: суффикс -ин в фамилии указывает на происхождение от личного прозвища, а не от топонима.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает первую версию. Нуянов, Нуянцев, Нуяновский — все они тяготеют к северным регионам и происходят от того же корня. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели описаны как типичные для прозвищ, характеризующих поведение человека. Таким образом, предок современных Нуяндиных, скорее всего, был человеком с заметной привычкой ныть или жаловаться, и это прозвище закрепилось за его потомками.