Фамилия Наяндина — редкая, и её разговорная, почти «домашняя» форма сразу выдаёт способ образования. Фамилия образована с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: Наяндина — «дочь (или жена) Наянды». А вот что скрывается за основой «Наянда» — вопрос более интересный.

Скорее всего, в основе лежит древнерусское или диалектное прозвище Наянда. Корень «на-ян» восходит к глаголу «ять» (брать) с приставкой «на-». В старых говорах «наян» означало наглеца, нахала, бесстыжего человека, который «нагло берёт» своё. В словаре Владимира Даля «наян» — это навязчивый, дерзкий, а «наянничать» — вести себя нахально. Суффикс -д- в прозвище Наянда (как в словах «брюзга» или «проныра») мог придавать оттенок длительности качества или просто быть словообразовательным элементом, характерным для северных и сибирских говоров. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище за напористый, навязчивый или дерзкий нрав.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых тюркских языках (например, в татарском или башкирском) слово «наян» означает «капризный», «упрямый», «избалованный». Если фамилия имеет тюркские корни, то Наянда — это русифицированная форма такого прозвища, а суффикс -ин «привязал» её к русской модели фамилий. В пользу этой версии говорит то, что фамилия Наяндин (мужской вариант) встречается в Поволжье и на Урале, где были сильны тюркские влияния. Однако для женской формы Наяндина географическая привязка менее очевидна.

Словообразовательная модель проста: прозвище Наянда (с суффиксом -д-) + притяжательный суффикс -ин. Фамилия недворянская, типично крестьянская или мещанская, без географического суффикса -ский. Она могла возникнуть в любой местности, где бытовало слово «наян», но особенно вероятны северные области России или регионы Поволжья. Несмотря на неблагозвучное значение исходного прозвища, в народной среде такие имена давали не со зла, а как оберег или ироничную характеристику, и со временем они стали нейтральными фамилиями.