Фамилия Ныколышин — редкий пример того, как местное произношение имени закрепилось в официальной записи. В её основе лежит форма «Ныкола», которая в некоторых южнорусских и украинских говорах заменяла литературное «Никола» (от канонического имени Николай). Суффикс -ын (в написании — -ин) указывает на принадлежность: Ныколышин — буквально «сын Ныколы» или «человек из семьи Ныколы». Такая модель типична для фамилий, образованных от обиходных, а не церковных вариантов имени.

Интересна география фамилии. Форма «Ныкола» характерна для западнорусских территорий, для Беларуси и Украины, где «ы» на месте «и» — не ошибка, а диалектная черта (так называемое «ыканье»). Встречается она и в пограничных областях России — Брянской, Смоленской, Курской. Если предки Ныколышиных были крестьянами или казаками, фамилия могла закрепиться в переписях именно в таком, «народном» написании, без подгонки под книжную норму.

В отличие от более частых Николаев, Никулиных или Миколаенко, фамилия Ныколышин сохранила редкую фонетическую особенность. Её можно сравнить с фамилиями вроде Ныконов (от Ныкон вместо Никон) или Ныкитин (от Ныкита вместо Никита) — все они фиксируют живую речь, а не школьное произношение. По сути, Ныколышин — это не просто «чей-то потомок», а «потомок того, кого в деревне звали Ныкола».

Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане, и однодворцы. Встречаемость крайне низкая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного родового гнезда. Современное написание с буквой «ы» в первом слоге — орфографический артефакт, который делает фамилию узнаваемой и отличает её от множества «правильных» вариантов на -ин.