Фамилия Нытова — одна из тех, где ударение решает всё. Если оно падает на первый слог (Ны́това), перед нами притяжательное прилагательное от прозвища или имени Ныт. Если на второй (Ныто́ва) — в основе может лежать нечто другое, но об этом ниже.

Самая прямая версия: Ныт — вариант древнерусского нецерковного имени Ныть, которое фиксируется в исторических документах. Слово «ныть» в древнерусском языке означало не только «плакать, жаловаться», но и «издавать глухой звук, стонать». Прозвище Ныт мог получить человек с тихим голосом, склонный к жалобам или, наоборот, молчаливый и сдержанный. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: «сын Ныта» или «из дома Ныта». Это стандартная модель для русских фамилий XVI–XVII веков, особенно распространённая в центральных и северных губерниях.

Менее вероятный, но возможный вариант — связь с гидронимом. В бассейне Камы есть река Нытва, а от неё — город Нытва. Форма Нытова могла возникнуть как фамилия выходца из этих мест, но тогда логичнее было бы ожидать вариант Нытвин или Нытвенский. Гласная -о- в суффиксе при таком происхождении нехарактерна. Поэтому версия с личным прозвищем выглядит убедительнее.

Встречается фамилия преимущественно на севере и северо-востоке европейской части России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Там же, в старых писцовых книгах, попадаются крестьяне с прозвищем Ныт. В XIX веке Нытова — почти исключительно крестьянская фамилия, без дворянских ветвей. В советское время носители расселились шире, но концентрация осталась в тех же регионах.

Ещё одна деталь: в говорах Русского Севера «ныть» могло означать «гудеть, выть» (о ветре или инструменте). Если предок был, скажем, пастухом, игравшим на рожке, или просто жил в ветреной местности, прозвище могло возникнуть и по этому признаку. Но это уже область догадок — прямых письменных подтверждений такой этимологии нет.