Фамилия Нюхарев — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, живёт в языке до сих пор, почти не изменив значения. Разбирать её нужно не с корня, а с суффикса: -ев указывает на принадлежность, то есть Нюхарев — буквально «сын Нюхаря». А Нюхарь — это человек, который нюхает. В русских говорах слово «нюхать» имело два основных оттенка: просто «обонять» и, чаще, — «вынюхивать, разведывать, проявлять чрезмерное любопытство». Прозвище Нюхарь могли дать либо тому, кто постоянно принюхивался, либо, что правдоподобнее, человеку с острым чутьём — следопыту, охотнику, или, наоборот, назойливому любопытному соседу.

Модель образования проста и типична для северных и центральных областей России: основа на -арь (как Пахарь, Токарь) плюс притяжательный суффикс -ев. Похожие фамилии — Нюхалов, Нюхин, Нюхов — встречаются редко, но все они восходят к тому же глаголу. Примечательно, что в некоторых диалектах «нюхарь» означало ещё и «нюхательный табак» — прозвище могли дать любителю табака. Однако первая версия (человек с чутьём) выглядит более естественной для прозвища, которое закрепилось в документах.

В отличие от многих фамилий, образованных от названий профессий, Нюхарев не указывает на ремесло в прямом смысле. Скорее, это характеристика личности — наблюдательного, дотошного, или, если смотреть с другой стороны, не в меру любопытного. Географически фамилия фиксируется в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её севернорусские корни: именно там были распространены прозвища на -арь.

Известных носителей с такой фамилией в истории немного, и они не входили в число дворянских родов. Это типичная крестьянская или мещанская фамилия, которая, скорее всего, возникла в среде вольных или государственных крестьян, где прозвища давали по личным качествам, а не по сословному статусу.