Фамилия Нюникова — женская форма мужской фамилии Нюников. В основе её лежит прозвище или нецерковное имя Нюник. Это довольно редкая словообразовательная модель: суффикс -ик- в русских фамилиях встречается реже, чем -ов/-ев или -ин, и обычно указывает на принадлежность к чему-то или на уменьшительно-ласкательную форму. В данном случае корень «нюн-» отсылает к глаголу «нюнить» — в северных и сибирских говорах так говорили о человеке, который хнычет, плачет без причины, капризничает. Нюником могли прозвать плаксивого ребёнка или взрослого с похожим характером.

Впрочем, возможна и другая версия: в некоторых диалектах «нюня» означало не только плаксу, но и ротозея, разиню. В этом случае прозвище Нюник закреплялось за рассеянным, медлительным человеком. Обе трактовки сходятся на бытовом, бытовом прозвище, которое не связано ни с профессией, ни с географическим названием, а целиком описывает поведение или внешность первого носителя.

По географии фамилия Нюников (и Нюникова) встречается крайне редко. Основные очаги — Вологодская область и Архангельская область, то есть регионы Русского Севера. Там, в зоне бытования севернорусских говоров, слово «нюнить» и его производные были в ходу. В центральных и южных областях фамилия практически не фиксируется.

Фамилия образована по патронимической модели: Нюник — сын Нюника, а Нюникова — дочь или жена Нюника. Суффикс -ов- в данном случае присоединён к основе на согласный, что стандартно для русских фамилий. Но сама основа с суффиксом -ик- нетипична: обычно фамилии от прозвищ на -ик (Кузьмик, Иваник) образовывались через -ов, но здесь мы видим редкий случай, когда прозвище с уменьшительным суффиксом стало самостоятельной основой.

Сословной привязки у фамилии нет: Нюниковы могли быть и крестьянами, и мещанами, и духовенством. В дореволюционных метрических книгах по Вологодской губернии встречаются записи о крестьянах Нюниковых, но массового распространения фамилия не получила. Сегодня она сохраняется скорее как реликтовая, локальная, и её носители, вероятно, имеют корни именно в тех местах, где «нюнить» было обычным словом.