Фамилия Охунова — женская форма фамилии Охунов, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Разбирать её стоит с суффикса: -ов- указывает на типичную русскую патронимическую модель (буквально «дочь или жена Охунова»). Сама же основа «Охун» — редкая и неочевидная, поэтому здесь возможны разные версии, и ни одна из них не является абсолютно доказанной.

Наиболее вероятная гипотеза связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «охун» или «акун» может означать «белый», «светлый», «чистый». В этом случае Охун — прозвище, данное человеку за светлый цвет волос, кожи или за нравственные качества. Фамилия могла возникнуть в среде татарских или башкирских мурз и крестьян, которые после принятия православия получали русские фамилии по прозвищам. Подтверждением этой версии служит то, что фамилия Охуновы встречается в документах XIX века среди касимовских татар и в Оренбургской губернии — регионах, где тюркские языки были распространены.

Менее правдоподобна, но всё же возможна версия об искажении имени Ахун. Ахун — это мусульманский титул (учёный богослов, мулла высокого ранга), который мог стать прозвищем, а затем и фамилией. Однако переход «Ахун» в «Охун» через замену гласной (а → о) характерен для северных русских говоров, но не для тюркской среды. Поэтому эта версия скорее исключение, чем правило.

С точки зрения словообразования, фамилия Охунова не имеет уменьшительных или пренебрежительных суффиксов — основа короткая и прямая. Это говорит о том, что прозвище Охун, скорее всего, было не ласкательным, а описательным или статусным. Если же исходить из версии о тюркском корне, то фамилия могла принадлежать человеку, которого в общине выделяли по внешнему признаку.

Встречаемость фамилии сегодня невысокая, она сосредоточена в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её тюркские истоки. Носительницы фамилии Охунова могут быть потомками крещёных татар или башкир, а также русских, получивших прозвище от соседей-тюрок.