Фамилия Ошхунова — женская форма фамилии Ошхунов. Разговор о ней стоит начать с корня, который неочевиден для русского уха. Основа «ошхун» почти наверняка восходит к тюркским языкам, где «ош» может означать «перевал» или «горный проход», а «хун» — вариант слова «кун» (день, солнце, а в переносном смысле — раб, слуга). Однако более правдоподобна версия, что перед нами искажённое или диалектное произношение тюркского имени Ошхун, которое, в свою очередь, образовано от глагола со значением «переходить», «переваливать». В таком случае имя-прозвище Ошхун могли дать человеку, жившему у перевала, либо тому, кто часто переходил через горы — торговцу, проводнику.

Суффикс -ов- типичен для русских фамилий, но здесь он присоединён к нерусской основе. Это говорит о том, что носитель фамилии (или его предок) был крещён или вошёл в русскую административную систему, где фамилии оформляли по русскому образцу. Встречаемость фамилии крайне редкая, географически она тяготеет к регионам Северного Кавказа и Нижнего Поволжья — зонам давних контактов тюркских и славянских народов. Скорее всего, предок носителя фамилии был из ногайцев, кумыков или астраханских татар.

Фамилия не получила широкого распространения и не имеет известных дворянских или купеческих ветвей. Ошхуновы — это, вероятно, потомки крестьян или казаков, чья родовая память уходит в горные или степные общества, где прозвище указывало на конкретный род занятий или место жительства. В написании фамилии возможны колебания: в старых метрических книгах можно встретить варианты Ошкунов или Ашхунов — буква «ш» часто путалась с «щ» и «с», а безударная «о» в начале слова давала акающее произношение.