Фамилия Окьньков — редкий случай, когда написание подсказывает произношение, а произношение — происхождение. В ней сразу бросается в глаза мягкий знак в корне: «Окьнь». Такая запись характерна для фамилий, образованных от прозвищ или имён, где исконно звучал мягкий согласный, который на письме передавали через «ь». В современном русском языке эта буква часто исчезает при образовании фамилий (сравните: Окунь — Окунев, а не Окуньков), но в фамилии Окьньков её сохранили, что указывает на старую, возможно, диалектную или документальную фиксацию.

Основа фамилии — слово «окунь». Прозвище Окунь (или Окень, Окьнь) давали человеку по внешнему сходству с рыбой: например, за большие глаза, узкое лицо или даже за манеру быстро и резко двигаться. В русских говорах слово «окунь» имело и переносные значения — так могли назвать пронырливого, хитрого или колючего в общении человека. Суффикс «-ков» — типичная русская модель образования фамилий от прозвищ на мягкий согласный (сравните: Медведь — Медведьков, Гусь — Гуськов). Формально фамилия означает «сын Окуня» или «потомок того, кого прозвали Окунем».

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где был распространён промысловый лов окуня и где в говорах сохранялось произношение «окьнь» с мягким «н». Встречается она редко, поэтому её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов, а не из разных независимых очагов. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян-рыбаков до служилых людей по прибору, получивших прозвище за характер.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Окунев, Окуньков, Окуничев) показывает, что Окьньков — архаичная форма. В то время как Окунев образован стандартно (от «окунь» через суффикс «-ев»), а Окуньков — более поздний вариант с утратой мягкости, Окьньков застыл в старом написании. Это делает фамилию ценной для ономастики: она как лингвистическая фотография говора или канцелярской записи XVII–XVIII века, когда мягкий знак в прозвищах ставили последовательно.