Фамилия Онанист — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение лежит не в той плоскости, которую можно было бы заподозрить, исходя из современного значения слова. В русском языке слово «онанист» как обозначение человека, практикующего мастурбацию, появилось не ранее XVIII века через медицинские трактаты, а фамилия, скорее всего, возникла раньше или независимо от этого значения.

Основная версия — фамилия образована от прозвища Онанист, которое не имеет никакого отношения к интимной сфере. В диалектах русского языка слово «онанист» могло быть искажённой формой от «онагрыст» или «онанис» — названия растения онанис (Ononis), известного в народе как «заячий клевер» или «стальник». Прозвище Онанист могли дать травнику, знахарю, который лечил этим растением, или крестьянину, жившему на поле, где росло много онаниса. Суффикс -ист в данном случае не типичен для русских фамилий, но мог быть заимствован через греческое влияние или через церковную среду, где использовались книжные формы.

Вторая, менее вероятная версия — фамилия могла возникнуть как семинарская, искусственная. В духовных училищах XVIII-XIX веков ученикам нередко давали фамилии по именам библейских персонажей или по греческим и латинским словам. Слово «онанист» связано с именем Онана, сына Иуды, который в Библии «проливал семя на землю». Однако в семинарской практике такие прямые «прозвища по греху» почти не встречались — обычно давали фамилии по именам святых или по месту. Поэтому эта версия слабая.

Фамилия крайне редкая. В современных базах данных она фиксируется единично, преимущественно в центральной России. Носители фамилии Онанист, вероятно, происходят из крестьянской или мещанской среды, и их предок получил прозвище за связь с растением или за какое-то поведение, которое в местном говоре обозначалось словом, созвучным «онанист». Из-за редкости фамилии и её неблагозвучного созвучия в современном языке многие носители могли сменить её на более нейтральную, что делает Онанистов живым, но почти исчезнувшим свидетельством народной лексики.