Фамилия Онилэ — редкая и необычная для русского уха. Её происхождение почти наверняка восходит к румынскому или молдавскому языку, где она представляет собой форму фамилии Онилэ (Onilă). В румынском суффикс -илэ (-ilă) характерен для уменьшительно-ласкательных или патронимических образований: он указывает на «сына» или «потомка» человека, чьё имя стало основой. В данном случае основа — Онил, что является краткой или народной формой христианского имени Онисим (от греческого «полезный»). Таким образом, Онилэ буквально означает «маленький Онил» или «потомок Онила».

Географически фамилия сосредоточена в Молдове и среди молдавской диаспоры, изредка встречаясь в Румынии и на юго-западе Украины. В русском языке она почти не бытует, а если и появляется, то часто искажается при записи: нередко путают с более привычными фамилиями на -ов или -ин, хотя суффикс -э здесь чужероден для славянской модели. В дореволюционных документах Бессарабии фамилию могли записывать как Онила или Онилло, но современное написание Онилэ закрепилось уже в советских паспортах.

Важно не путать её с фамилией Онила — это может быть как тот же корень, но с другой огласовкой, так и отдельная форма от имени Онуфрий (через Онила). Однако для Онилэ связь с Онисимом выглядит более прямой и логичной. Носители фамилии, вероятно, происходят из крестьянской или ремесленной среды Молдовы XIX века, где такие уменьшительные фамилии были особенно распространены в сельской местности.

Фамилия не имеет никакого отношения к английскому Oni или японским корням, несмотря на внешнее сходство. Это чисто восточнороманский антропоним, который сохранил свою редкую форму благодаря компактному ареалу бытования.