Основой фамилии Онин послужило имя Оня. Фамилия Онин, вероятно, ведет свое начало от имени Оня, которое является уменьшительной формой более чем двадцати крестильных имен. Так, Оней в старину называли Семёна (в переводе с древнееврейского – «услышанный Богом в молитве»), Онисия (в переводе с древнегреческого - «полезный»), Флегонта (от греческого «флегон» – «горящий, ревностный»), Иону (с древнееврейского – «голубь» или «терпеливый»), Леонтия (в переводе с греческого – «львиный»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Оня, со временем получил фамилию Онин.