Фамилия Онисифорова образована от мужского крестильного имени Онисифор, которое в переводе с греческого означает «полезный». Это имя носил святой апостол Онисифор, почитаемый православной церковью. Согласно житию, он был епископом в Колофоне (Малая Азия), затем в Коринфе, а мученическую кончину принял в городе Парии, неподалёку от Ефеса, на берегу Геллеспонта, куда отправился проповедовать веру Христову.

Имя Онисифор в старину не было редкостью, но и массовым его не назовёшь. От него произошло несколько фамилий: Онисифоров, Онисимов, Онищенко, Онипко — все они восходят к разговорным формам одного канонического имени. Фамилия Онисифорова принадлежит к самой распространённой модели русских фамилий — притяжательным прилагательным с суффиксом -ов/-ев, которые отвечали на вопрос «чей?». Первоначально Онисифорова означало «дочь (или жена) Онисифора», а уже от женской формы со временем закрепилась и мужская — Онисифоров.

Скорее всего, основатель рода Онисифоровых обладал высоким социальным статусом. В крестьянской среде полная форма имени использовалась реже, чем в среде духовенства, купечества или служилых людей, — в народе чаще бытовали уменьшительные варианты. Поэтому фамилия, сохранившая именно полную форму имени, может указывать на то, что предок был человеком грамотным и уважаемым, возможно, священником или приказным. Впрочем, не исключено, что полное имя закрепилось и за простолюдином, которого так записали в церковной книге.

Покровительство апостола Онисифора, почитаемого как ревностного проповедника, могло накладывать отпечаток на выбор имени для ребёнка в семьях, особенно благочестивых. Со временем потомки человека, обладающего именем Онисифор, получили фамилию Онисифорова, и сегодня она встречается в разных регионах России, сохраняя память о своём греческом корне и о святом, чьё имя легло в её основу.