Фамилия Онуку — довольно редкая для русского уха, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский, окончание -у сразу указывает на иноязычную основу. С высокой вероятностью, фамилия Онуку имеет западноафриканское происхождение, а именно — нигерийское.

Самая распространённая версия связывает фамилию с одним из народов юго-восточной Нигерии — игбо или ибибио. В языке игбо слово «onu» означает «рот» или «голос», а также может входить в состав личных имён, обозначающих «уста» как символ слова, власти или заступничества. Суффикс «-ку» может быть сокращением от «-chukwu» (Бог) или частью сложного имени. Таким образом, Онуку могло означать «голос Бога», «уста, говорящие от имени общины» или быть прозвищем красноречивого человека — оратора или вождя.

Модель образования фамилии здесь не морфологическая (как в русском языке, где суффикс указывает на принадлежность), а лексическая: родовое имя или прозвище перешло в фамилию без изменений. В русском контексте носители этой фамилии — это, как правило, потомки выходцев из Нигерии или других стран Западной Африки, которые оказались в России или на постсоветском пространстве в XX–XXI веках, часто по линии учёбы или работы.

Встречается также версия, что фамилия может быть украинской или молдавской, но она крайне слаба. В украинском языке есть слово «онук» (внук), но форма «Онуку» — это дательный или местный падеж, а не основа фамилии. Фамилии в форме застывшего падежа встречаются (например, «Онука»), но окончание на -у для украинской фамилии нетипично и скорее указывало бы на западнославянское влияние, что маловероятно. Поэтому африканское происхождение остаётся основным и наиболее логичным объяснением.

Географически фамилия Онуку в современной России встречается редко и сосредоточена в крупных городах — Москве, Санкт-Петербурге, а также в регионах с крупными университетами, где учились иностранные студенты. Учитывая, что фамилия не прошла через века русской истории, её носители — это в основном первое-второе поколение, сохранившее прямую связь с нигерийскими корнями.