Фамилия Онуприенко напрямую связана с именем Онуприй — украинской народной формой крестильного имени Онуфрий. В переводе с древнееврейского это имя означает «священный бык», что звучит неожиданно для современного уха, но в древности такой образ символизировал силу и жертвенность.

Образована фамилия по типичной для украинской ономастики модели: к основе Онуприй добавили патронимический суффикс -енко, который указывал на «сына Онуприя». Первоначально Онуприенко — это «сын Онуприя», и такая форма была широко распространена на Левобережной Украине, особенно в казацких землях Полтавщины и Черниговщины, где фамилии на -енко фиксировались уже в XVII веке.

Интересно, что в русской традиции то же имя дало фамилии Онуфриев и Онуфрийчук, а в белорусской — Ануфриенко. Разница в написании объясняется тем, что в украинских говорах начальное «о» часто сохранялось, а в некоторых регионах переходило в «а». Сама форма Онуприй возникла из-за упрощения трудного для произношения сочетания «фр» — звук «ф» в народной речи заменялся на «п», что дало более привычное для славянского уха звучание.

Стоит отметить, что в церковном календаре имя Онуфрий связано с преподобным Онуфрием Великим, египетским пустынником IV века. Однако в народной среде имя быстро утратило прямую ассоциацию со святым и стало обычным личным именем, от которого пошли многочисленные производные формы: Онуприй, Онуфрей, Онуприян.

Поскольку фамилия несёт ярко выраженный украинский патронимический суффикс, носители Онуприенко в большинстве своём происходят из семей, где предки говорили по-украински. В документах Российской империи фамилия часто писалась через «а» — Ануприенко, что отражало акающее произношение, но в украинской традиции закрепился вариант с «о». Сегодня обе формы существуют параллельно, и носители фамилии могут обнаружить в архивах записи с разным написанием, что не меняет её единого происхождения.