Фамилия Оппер — редкий для России случай, когда иноязычная основа не получила типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский). Она осталась в «чистом» виде, без адаптации, что сразу указывает на её позднее происхождение или на то, что носитель фамилии — не из крестьянской среды, где фамилии массово русифицировали в XIX веке.

Самая вероятная версия — немецкие или еврейские (ашкеназские) корни. В немецком языке «Орреr» означает «жертва» или «жертвоприношение». Фамилия могла возникнуть как прозвище человека, связанного с церковной службой (например, пономаря, принимающего пожертвования), или как искусственная фамилия, данная еврейскому населению в Австрийской империи или Пруссии в конце XVIII — начале XIX века, когда чиновники присваивали фамилии по случайным признакам. В этом случае выбор слова «Оппер» мог быть совершенно произвольным, без прямой связи с родом занятий.

Вторая, менее распространённая версия — происхождение от немецкого «Ореr» (дед) в диалектном произношении. Это могло быть прозвище пожилого, уважаемого человека. Однако фонетическая форма «Оппер» с удвоенной «п» характерна для верхненемецких диалектов, что сужает географию поиска предков до юга Германии, Австрии или Швейцарии.

В России фамилия Оппер встречается спорадически, преимущественно в городах Поволжья и Сибири — там, куда в XIX веке ссылали или переселяли немецких колонистов и специалистов. В отличие от фамилий типа «Опперман» или «Опперов», форма без суффикса говорит о том, что её носитель, скорее всего, был городским жителем, ремесленником или интеллигентом, а не крестьянином-колонистом, чью фамилию быстро русифицировали бы в документах.