Фамилия Пафнучев образована от канонического мужского имени Пафнутий, что сразу выделяет её среди множества русских фамилий. Имя это греческого происхождения (от «пафнутий» — «принадлежащий к Пафосу», городу на Кипре, или, по другой версии, от египетского «па-фнуте» — «тот, кто от Бога»). В святцах оно известно благодаря преподобному Пафнутию Боровскому, основателю монастыря, и другим святым. Но в быту имя почти не встречалось — оно было редким, книжным, монашеским. Поэтому фамилия Пафнучев — не крестьянская и не купеческая «по отцу», а скорее семинарская или церковная.

Суффикс -ев (после мягкого согласного -ф-) указывает на стандартную модель: Пафнучев значит «сын Пафнутия». Но в народной среде имя Пафнутий часто переделывали в более привычные Пафнуша или Пафнуха, отсюда могли пойти и фамилии Пафнушин, Пафнухин. Пафнучев же — вариант, максимально близкий к полной церковной форме, что говорит о грамотной среде происхождения: скорее всего, её носителем был священник, дьякон или причетник, чей отец носил редкое монашеское имя. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии встречаются в среде духовенства центральных губерний, особенно вокруг Москвы и Калуги, где жил и почитался Пафнутий Боровский.

Интересно, что у фамилии нет «тёмного» или спорного корня — всё прозрачно. Но именно эта прозрачность подчёркивает её необычность: имя Пафнутий не стало массовым, как Иван или Пётр, и фамилия осталась локальной. По переписям XIX века Пафнучевы встречаются точечно — в основном в Калужской, Тульской и Рязанской губерниях, в сёлах при монастырях. В XX веке фамилия почти исчезла: по данным современных справочников, в России сегодня живёт не более нескольких десятков её носителей.

Так что предки Пафнучева — не крестьяне и не дворяне, а люди церковного круга, носившие редкое имя в честь святого. Сама фамилия звучит архаично, но в этом её ценность: она — живой след книжной, монастырской традиции, которая почти не отразилась в массовых русских фамилиях.