Фамилия Пафнучева — женская форма фамилии Пафнучев, которая образована от имени Пафнутий. Это имя греческого происхождения («пафнутиос» — «принадлежащий богине Пафосской», то есть Афродите), но в русскую культуру оно попало через церковнославянскую традицию вместе с христианством. В святцах имя носил преподобный Пафнутий Боровский, основатель Рождество-Богородицкого монастыря в XV веке. Однако в быту имя было редким, встречалось в основном в монашеской среде или в крестьянских семьях, где детей называли по святцам.

Словообразовательная модель проста: к основе имени (Пафнут-) добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын или дочь Пафнутия). Форма Пафнучев — типичная для русских фамилий, возникших из отчества. Суффикс -ев, а не -ов, объясняется тем, что основа оканчивается на мягкий согласный «т». Фамилия Пафнучева — результат склонения по женскому роду.

Интересная деталь: в отличие от распространённых фамилий вроде Иванов или Петров, фамилия Пафнучев/Пафнучева крайне редкая. Она почти не встречается за пределами центральной России, и её носители, скорее всего, сосредоточены в бывших владениях Пафнутьево-Боровского монастыря — в Калужской, Московской, Тверской областях. В дореволюционных переписях эта фамилия могла фиксироваться с разным написанием: Пафнучев, Пафнутьев, Пафнотьев. Последний вариант — результат народного упрощения труднопроизносимого имени (твёрдое «т» переходило в «ть»). Споров о происхождении почти нет: все версии сходятся к имени Пафнутий, и альтернативные гипотезы (например, от греческого «пафос» — страсть) слабы, так как не объясняют суффиксальной модели.

Если ваши предки носили фамилию Пафнучева, они, вероятно, были потомками человека, которого в документах записали как Пафнутий. Это мог быть крестьянин или ремесленник, а не дворянин — фамилии на -ев из полных церковных имён чаще встречались у низших сословий.