Фамилия Пафнутьева отвечает на вопрос «чей?» и образована от личного имени Пафнутий. Это крестильное имя, которое носил преподобный Пафнутий Боровский, умерший в 1478 году. Внук татарина-баскака, принявшего христианство, он основал в Боровске монастырь, где почивают его мощи. Современники запомнили его милосердие к бедным и сострадание ко всем скорбящим, а в 1540 году церковь причислила его к лику святых.

Имя Пафнутий переводят с египетского как «принадлежащий богу». Такое значение указывает на древнюю традицию: в коптской среде так называли детей, посвящённых Богу, и это имя попало в святцы через византийскую традицию. На русской почве оно звучало необычно, поэтому фамилии от него встречаются реже, чем от имён Иван или Пётр.

Притяжательный суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Пафнутьева — это дочь, жена или вдова человека по имени Пафнутий. Сама форма говорит о том, что основатель рода, скорее всего, принадлежал к высшему сословию. В крестьянской среде такие полные формы фамилий закреплялись позже и проще, а здесь мы видим книжное, церковное имя в основе, что характерно для дворянских и священнических родов.

Стоит заметить, что ударение в фамилии плавает: одни произносят Пафнýтьева, другие — Пафнутьéва. Это не ошибка, а следствие того, что имя в народной речи иногда звучало как Пахнутий, отсюда же пошли однокоренные фамилии Пахнутьев и Пахнутин. Если ваш предок писался через «ф», он, вероятно, был ближе к церковной книжности, а вариант с «х» выдаёт разговорную народную традицию.

Точных сведений о конкретных носителях фамилии в открытых источниках немного, и это нормально для редкого имени. Но сам факт, что фамилия сохранилась и дошла до наших дней, говорит о том, что род Пафнутьевых не прерывался, а имя их предка осталось в памяти потомков.