Основой фамилии Пафнутьева послужило церковное имя Пафнутий. Фамилия Пафнутьева образована от крестильного мужского личного имени Пафнутий, которое в переводе с египетского языка означает «принадлежащий богу». Известным обладателем этого имени является Пафнутий Боровский — преподобный (умер в 1478 году), внук татарина-баскака, принявшего христианство. Он основал в Боровске монастырь, где почивают его мощи. Пафнутий отличался милосердием к бедным и сострадательностью ко всем скорбящим. В 1540 году он был причислен к лику святых. Скорее всего, основатель рода Пафнутьевых был человеком из высшего сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пафнутий, со временем получил фамилию Пафнутьева.