Фамилия Паганкина — женская форма мужской фамилии Паганкин. Она образована по простой и продуктивной модели: к основе прозвища или имени добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Паганки). Такие фамилии в XVI–XVII веках получали в основном крестьяне и посадские люди, а позже они закрепились как наследственные.

Корень фамилии — паганка. Здесь возможны два объяснения, и оба уходят в диалектную лексику. Первое: в русских говорах «паганка» — это растение, чаще всего поганка, то есть несъедобный гриб. Прозвище Паганка могли дать человеку, который собирал или торговал грибами, либо же в переносном смысле — нелюдимому, «несъедобному» в общении. Второе, более редкое: «паганка» могло быть искажением от «поганка» в значении «нечисть, нехристь» — так в старину называли иноверцев или людей с дурной славой. Но в бытовых прозвищах чаще брали за основу что-то конкретное и нейтральное, поэтому грибная версия выглядит убедительнее.

Суффикс -к- в основе указывает на то, что прозвище было уничижительным или уменьшительным: Паганка — не просто «поганец», а скорее «маленький гриб» или «поганочка». В русской ономастике такие формы типичны для прозвищ, данных по внешности, занятию или поведению. Фамилия Паганкин не принадлежит к числу распространённых: она встречается в основном в центральных и северных областях России, где грибной промысел был традиционным.

В писцовых книгах и ревизских сказках фамилия не фиксируется как дворянская или купеческая — это крестьянская или мещанская фамилия, что подтверждается её словообразовательной моделью без «дворянских» суффиксов типа -ский. Носители фамилии Паганкина, скорее всего, происходят из семей, где предка прозвали за связь с грибами или за нелюдимый нрав. Точных данных о знаменитых носителях нет — фамилия осталась в тени истории, что для массовых крестьянских фамилий нормально.