Фамилия Пакенас звучит для русского уха непривычно, и это не случайно: она литовского происхождения. В русском языке она сохранила характерное литовское окончание -ас, которое в оригинале указывает на мужской род и именительный падеж. Если бы фамилия адаптировалась по русским правилам, она могла бы превратиться в Пакенов или Пакенин, но этого не произошло — носители сохранили исходную форму.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Pakėnas. В литовской ономастике суффикс -ėnas часто образует фамилии от названий профессий, местности или качеств человека. Скорее всего, корень связан с литовским словом pakė — «пень», «колода» или «чурбан». В переносном смысте так могли прозвать коренастого, крепкого человека или, наоборот, упрямого, «как пень». Другая, менее вероятная версия — от pakėti («терпеть», «выносить»), что дало бы прозвище терпеливому человеку.

Фамилия Пакенас бытует преимущественно в Литве и среди литовской диаспоры. В России и Беларуси она встречается редко, чаще всего у потомков литовцев, переселившихся в XIX–XX веках. В исторических документах фамилия фиксируется с XIX века в метрических книгах Сувалкской и Ковенской губерний.

С точки зрения социального контекста, литовские фамилии на -ас в XIX веке принадлежали в основном крестьянам и мелким ремесленникам. Дворянство в Литве чаще носило фамилии на -скис (например, Пакенаскис), поэтому Пакенас — почти наверняка фамилия простого сословия.

Если сравнивать с однокоренными, в Литве встречаются фамилии Пакенайтис (с суффиксом сыновности) и Пакенявичюс (полонизированная форма). В русском языке аналогов практически нет, что делает Пакенас редким и ярким маркером литовского происхождения.