Фамилия Пакепе — редкая, а для русского уха и вовсе необычная. Она не вписывается в типичные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский, и это сразу подсказывает, что её корни, скорее всего, не славянские. Скорее всего, перед нами фамилия, которая пришла в русскоязычную среду из языков Кавказа или тюркских народов.

Вероятнее всего, Пакепе — это фамилия, образованная от прозвища или личного имени. В языках народов Дагестана, например, есть сложные имена, где первая часть может означать «жирный», «толстый» или «крепкий», а вторая — «голова» или «вершина». Но более правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским корнем «пак» (чистый, настоящий) и суффиксом, обозначающим принадлежность. В таком случае Пакепе могло означать «чистый» или «настоящий» человек, а сама фамилия — указывать на род или племя, откуда вышел предок.

Форма фамилии — на -е — характерна для некоторых народов Северного Кавказа, где окончание может обозначать принадлежность к роду или местности. В русском языке такая фамилия склоняется по правилам существительных мужского рода: Пакепе, Пакепе, Пакепе. Если носитель — женщина, фамилия не склоняется.

Географически фамилия Пакепе могла закрепиться в среде переселенцев или потомков народов Кавказа, которые оказались в центральной России или на юге. Встречаются единичные носители, и чаще всего они связаны с регионами, где исторически были контакты с тюркским или кавказским населением. Точных данных о сословной принадлежности нет, но, судя по модели, это могла быть фамилия сельских жителей или выходцев из горских общин.

Споров вокруг корня почти нет, так как фамилия слишком редкая, чтобы порождать множество гипотез. Самая слабая версия — что это искажённая русская фамилия типа «Пакеев» или «Пакепин», но она не выдерживает критики: окончание -е нехарактерно для русских фамилий и явно указывает на иноязычное происхождение. Поэтому наиболее логично считать Пакепе фамилией, пришедшей с Кавказа или из тюркской среды, где она означала либо личное качество («чистый»), либо указывала на родовую принадлежность.