Фамилия Пахретинова — редкая и с трудно определимым корнем. Если отбросить суффикс -ов- (в женском роде -ова), указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся основа Пахретин. Самая вероятная версия связывает её с названием реки Пахры, протекающей в Московской и Калужской областях. В этом случае Пахретинов — тот, кто живёт на Пахре или пришёл с берегов этой реки. Форма Пахретин могла возникнуть от старого прозвища Пахрета — человека, переселившегося с Пахры или имевшего там угодья. Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я: Пахрета → Пахретин → Пахретинов.

Менее вероятна, но возможна связь с календарным именем Пахом (от греческого «Пахомий»). В народной речи имя Пахом могло исказиться до Пахра, а затем обрасти суффиксами, но цепочка получается слишком длинной и натянутой. Прямых параллелей с другими фамилиями от Пахры, например Пахрин или Пахровский, в открытых источниках почти нет, что делает Пахретинову локальным, возможно, даже угасшим вариантом.

Географически фамилия тяготеет к центральной России, но встречается редко. В дореволюционных справочниках и метрических книгах она не фиксируется массово, что говорит о её позднем оформлении или о малочисленности рода. Носительницы фамилии, скорее всего, происходят из крестьян или мещан Подмосковья, чьи предки получили прозвище по месту жительства. Известных публичных людей с такой фамилией нет — это один из тех случаев, когда фамилия остаётся сугубо семейным маркером, не выходя за пределы частной истории.