Фамилия Пахрудинова происходит от мужского имени Пахрудин, которое состоит из двух частей. Первая часть — Пахри, диалектный вариант арабского имени Фахри. В переводе с арабского оно означает «достойный похвалы», «превосходящий других», «знаменитый». Вторая часть — «дин», общая для многих восточных имен, переводится как «вера» или «религия». Складываясь вместе, имя Пахрудин несло пожелание, чтобы сын вырос достойным мусульманином, чья вера заслуживает уважения.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к восточному имени добавили суффикс -ов и окончание -а. Такой способ русификации мусульманских имен был типичен для народов Кавказа и Средней Азии, попавших в орбиту Российской империи. Потомок человека по имени Пахрудин со временем становился Пахрудиновым, а его дочь или жена — Пахрудиновой.

Распространена фамилия преимущественно в Дагестане. Это объясняется тем, что арабские имена с компонентом «дин» глубоко укоренились в культуре народов этого региона после принятия ислама. В Дагестане имя Пахрудин и его вариации встречаются у аварцев, даргинцев, лакцев и других народов, поэтому фамилия не привязана к одному конкретному этносу.

Стоит обратить внимание на то, что в самом Дагестане фамилия часто пишется как Пахрудинов, но в русскоязычной среде закрепилась и форма Пахрудинова. Иногда встречается вариант с буквой «а» в первом слоге — Пахрудинова, что отражает особенности местного произношения.

Точно определить, когда именно предки конкретной семьи Пахрудиновых получили фамилию, сложно. Процесс закрепления фамилий у горских народов шел неравномерно и растянулся на десятилетия. Для установления точной даты и места возникновения рода нужны серьезные генеалогические изыскания с обращением к архивным документам и ревизским сказкам.