Фамилия Пахрудинов ведет свое начало от мусульманского мужского имени Пахри, которое представляет собой диалектный вариант имени Фахри, в переводе с арабского означающего «достойный похвалы, превосходящий других, знаменитый, известный». Компонент «дин», характерных для большинства восточных имен и фамилий, имеет значение «вера, религия». Вероятно, родители, нарекая ребенка таким именем, как Пахрудин, желали своему сыну стать достойным мусульманином. Фамилия Пахрудинов распространена преимущественно на территории республики Дагестан. Таким образом, потомок человека, которого звали Пахрудин, со временем получил фамилию Пахрудинов.