Фамилия Пахрудинов напрямую связана с мусульманским именем Пахрудин, которое в свою очередь восходит к арабскому Фахрудин. Если разложить это имя на составляющие, то «фахр» (в диалектном произношении «пахр») переводится как «слава», «гордость», «превосходство», а «дин» означает «вера» или «религия». Таким образом, имя Фахрудин означает «гордость веры» или «слава религии». Имя Фахри, от которого образована эта форма, переводится как «достойный похвалы», «превосходящий других», «знаменитый». Называя сына Пахрудином, родители вкладывали в это пожелание, чтобы он вырос достойным мусульманином, чья жизнь прославляет веру.

По своей словообразовательной модели фамилия Пахрудинов — классический пример русской фамилии, образованной от восточного имени. К основе «Пахрудин» добавили русский патронимический суффикс «-ов», который указывает на принадлежность к отцу: буквально фамилия означает «сын Пахрудина». Такая модель адаптации мусульманских имен через добавление славянских суффиксов типична для народов Кавказа и Поволжья, которые исторически находились в орбите русского культурного и административного влияния.

Географически фамилия Пахрудинов распространена преимущественно в Дагестане. Это объясняется тем, что в республике веками сосуществовали арабская письменная традиция, принесённая с исламом, и местные языки. Звук «ф», характерный для арабского, в некоторых дагестанских языках отсутствовал, поэтому его часто заменяли на более привычный «п». Отсюда и возник диалектный вариант имени — Пахрудин вместо Фахрудин. Подобные фонетические замены — не редкость: они встречаются и в других фамилиях региона, где арабские имена обретали местное звучание.

Стоит отметить, что фамилия Пахрудинов — сравнительно поздняя по меркам ономастики. Массовое закрепление фамилий у горских народов Кавказа произошло в основном в XIX — начале XX века, когда российская администрация вводила обязательные метрические записи. До этого люди чаще обходились именем и именем отца. Поэтому фамилию Пахрудинов получили потомки конкретного человека по имени Пахрудин, жившего, вероятно, в XIX веке.

Встречаются и родственные фамилии, образованные от того же корня, но с иными суффиксами — например, Пахрудинов или Пахрудинов. Разница в написании обычно связана с особенностями записи имени в документах разных лет: писари могли по-разному передавать безударные гласные. Однако все эти варианты объединяет одно — общая основа, восходящая к имени, которое прославляет веру.