Фамилия Пахрутдинова ведет свое начало от мусульманского мужского имени Пахрутдин, которое представляет собой диалектный вариант имени Фахретдин, в переводе с арабского означающего «слава, гордость религии». Вероятно, родители, нарекая ребенка таким именем, как Пахрутдин, желали своему сыну стать достойным мусульманином. Таким образом, потомок человека, которого звали Пахрутдин, со временем получил фамилию Пахрутдинова. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому точно определить время и место происхождения рода Пахрутдиновых можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований.