Фамилия Пакирдинова — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно отбросить типичное для русских фамилий окончание -ов. Основа здесь — «Пакирдин», что указывает на тюркское или арабо-персидское происхождение. Скорее всего, в основе лежит мужское личное имя или прозвище, которое в русской среде адаптировали с помощью суффикса принадлежности.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с арабским именем Бакир (или Бакирдин). «Бакир» переводится как «ранний», «молодой», а также может означать «учёный», «знающий». В исламской традиции это имя носил один из потомков пророка Мухаммеда — имам Мухаммад аль-Бакир. Прибавление «-дин» (вера, религия) даёт форму «Бакирдин» — то есть «учёный в вере» или «ранний в вере». Фонетически «Бакирдин» в русском произношении могло перейти в «Пакирдин»: глухой «п» вместо звонкого «б» — обычное явление при заимствовании через татарский или башкирский язык.

По модели образования фамилия Пакирдинова — типичная «патронимическая» (по отцу). Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей сын?» — Пакирдинов. Женская форма на -а закрепилась за женщинами. Такие фамилии часто встречались в среде крещёных татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья. Предок носительницы фамилии мог быть муллой, учителем или просто человеком, получившим имя в честь почитаемого религиозного деятеля.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В открытых базах и телефонных справочниках она фиксируется точечно — несколько семей в Татарстане, Башкортостане и, возможно, в Оренбургской области. Это указывает на локальное бытование: фамилия не разошлась широко, а осталась в пределах одной родовой ветви или небольшой этнической группы.

Если отбросить сложные версии, можно предположить и более простой бытовой корень. В некоторых тюркских языках есть слово «пакир» (или «бакыр») — «медь», «медный». Тогда «Пакирдин» могло быть прозвищем медника или человека с рыжеватыми волосами цвета меди. Однако эта версия слабее: прибавление «-дин» к названию металла нехарактерно, а вот к религиозному имени — стандартная практика. Поэтому основная гипотеза — арабо-тюркское имя Бакирдин, перешедшее в фамилию после русификации.