Фамилия Пакидова — женская форма, но её смысл и происхождение нужно искать в мужском варианте Пакидов. В русской традиции фамилии на -ов образуются от основ, оканчивающихся на твёрдый согласный, так что исходная форма — Пакид, а не Пакида.

Корень здесь неочевиден. В современном русском языке нет нарицательного слова «пакид» или «пакида». Первое, что приходит на ум — диалектное или профессиональное прозвище. В северных и сибирских говорах «пакида» или «покида» могли назвать человека, который бросает работу, уходит с места, не доведя дело до конца (от глагола «покидать»). В таком случае фамилия Пакидов — это прозвище, закрепившееся за родоначальником, которого окружали так за непостоянство или торопливость.

Другая версия — отголоски церковнославянского «паки» (снова, опять). В среде духовенства могли дать фамилию по характеру службы или по имени настоятеля. Например, прозвище Пакида мог получить человек, который часто повторял одно и то же или вернулся после долгого отсутствия. Но эта версия менее вероятна: фамилии на -ов от наречий в среде духовенства редки, там чаще встречались формы на -ский.

Фамилия Пакидова встречается нечасто. По доступным данным, основные очаги — Поволжье и Урал. Это косвенно подтверждает версию о диалектном происхождении: именно в этих регионах бытовали глагольные прозвища, образованные от местных говоров.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в XV–XVII веках, когда шёл массовый процесс закрепления прозвищ за крестьянскими и посадскими родами. Значит, предки носителей фамилии Пакидова были скорее всего крестьянами или ремесленниками, а не дворянами. Дворянский род Пакидовых в истории не зафиксирован.