Фамилия Пакшенкова — женская форма от Пакшенков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Пакшенок. Ключ к разгадке — редкий суффикс -енок (-онок), который в русских фамилиях встречается гораздо реже, чем стандартные -ов, -ев или -ин.

Суффикс -енок в восточнославянских говорах (особенно в белорусских и южнорусских) имел значение «детёныш» или «сын». Если в основе лежит слово «пакша», то Пакшенок — буквально «сын Пакши» или «маленький Пакша». Само слово «пакша» в диалектах означает «лакомка», «сладкоежка» (от глагола «пакшить» — лакомиться, есть сладости). Прозвище Пакша могли дать человеку с заметной любовью к сладкому или, в переносном смысле, избалованному, привередливому в еде.

Вторая, менее вероятная, версия отсылает к тюркскому корню. В казахском и татарском языках есть слово «пакша» (или «бакша») — «сад» или «огород». В этом случае прозвище могло указывать на садовода или огородника. Однако для русской фамилии, особенно с характерным суффиксальным оформлением, славянская диалектная основа выглядит убедительнее.

Географически фамилия Пакшенков преимущественно встречается в западных и центральных областях России — там, где исторически были сильны белорусские говоры и где суффикс -енок активнее участвовал в фамилиеобразовании. Это Смоленщина, Брянщина, Псковщина, а также прилегающие районы Беларуси.

Словообразовательная цепочка проста: прозвище Пакша → отчество-полуотчество Пакшенок (сын Пакши) → фамилия Пакшенков (чей? — сын Пакшенка). Такая модель типична для фамилий, которые застыли в форме родительного падежа притяжательного прилагательного. Встречается и вариант Пакшенков без выпадения гласной, но форма с «о» в суффиксе (Пакшенок — Пакшенков) более архаична и точнее передаёт исходное звучание прозвища.