Фамилия Пакшенцева образовалась от прозвища Пакшенец. Скорее всего, оно ведет свое начало от топонима Пакшино. В начале XX века в Домницкой волости Буйского уезда Костромской губернии было село Пакшино, а в современной Новосибирской области есть деревня Пакшино. Возможно, основатель рода Пакшенцевых был родом из одного из этих мест. Сам топоним, возможно, связан с литовским глаголом pakšėti - «хлопать; чмокать; чавкать». Возможно, название отражало особенности местности: ранее на месте Пакшино могло быть болото. Менее вероятно, что в основе этой фамилии лежит мордовское личное имя Пакша, что в переводе с эрзянского значит «дитя, ребенок». В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Пакшенец, со временем получил фамилию Пакшенцев.