Фамилия Пакшинцев — наглядный пример того, как редкий суффикс может рассказать о происхождении больше, чем очевидный корень. В ней два суффикса: -ин- и -ев-, что для русских фамилий редкость. Обычно такие сочетания указывают на сложную историю перехода прозвища в фамилию, чаще всего через отчество. Скорее всего, исходная форма — Пакшин, а суффикс -ев добавился позднее, по аналогии с другими фамилиями или при оформлении документов. В основе лежит мужское имя или прозвище Пакша.

Корень «Пакш-» почти наверняка восходит к древнерусскому или диалектному слову «пакша» — так в ряде говоров называли левшу, человека, владеющего левой рукой лучше правой. В старину это было не просто описанием, а устойчивым прозвищем, которое давали по заметной особенности. Не исключено, что прозвище могло относиться и к неловкому, неуклюжему человеку — в переносном смысле. Менее вероятна, но допустима версия от календарного имени Пахомий (в просторечии Пахом), где «Пакша» — одна из народных форм, хотя фонетически она не совсем типична.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — Вологодской, Архангельской, Костромской областям. Там диалектное слово «пакша» было в ходу, и там же чаще встречаются фамилии с двойным суффиксом. Социально Пакшинцевы, скорее всего, происходят из крестьян или посадских людей: прозвища по личным качествам были типичны для низших сословий, где фамилии закреплялись поздно, нередко через отчество от прозвища отца.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Пакшин, Пакшев, Пакшутов, — то Пакшинцев стоит особняком именно из-за своего громоздкого окончания. Это не «княжеская» или «дворянская» модель (там чаще -ский), а чисто бытовая, народная. Встречаемость фамилии сегодня невысокая, носители разбросаны по России, но ядро сохраняется в тех же областях, где она возникла.