Фамилия Пакшина образовалась от прозвища Пакша, которое легло в основу фамилии по модели с суффиксом -ин. Этот суффикс — один из древнейших в русской ономастике, он указывал на принадлежность человеку по имени отца или главы семьи: Пакшин — сын Пакши. Само прозвище, вероятно, восходит к диалектному нарицательному «пакша», что означает «кисть левой руки». Такое прозвище, скорее всего, указывало на то, что основатель рода был левшой. Представление о различии «левого» и «правого» встречается уже в самых древних мифологиях: «левое» в большинстве культур соотносилось с силами зла, грехом и загробным наказанием, а «правое» приобрело отчетливо положительный смысл. Пользоваться левой рукой для «обычных» занятий, скажем, чтобы держать оружие, во многих обществах запрещалось. Поэтому именование Пакша могло использоваться и как охранное имя для младенца: нарекая ребенка Пакшей, родители будто бы отводили от него беды, желая счастливой и удачной жизни. Так прозвище закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем потомки получили фамилию Пакшин. Интересно, что у этой фамилии есть и редкая особенность: она бытует в двух формах — мужской Пакшин и женской Пакшина, и обе сохраняют ударение на первом слоге, что делает её легко узнаваемой среди однокоренных фамилий вроде Пакшев или Пакшинский, которые могли возникнуть от тех же диалектных основ в других регионах.