Фамилия Пакшичев — редкий пример, где суффикс -ев присоединился к основе, которая сама по себе уже содержит фамильный формант. В ней отчётливо слышится модель «Пакшич + ев», то есть перед нами «сын Пакшича». Такая двойная «фамилизация» характерна для русских фамилий, образованных от сербских, болгарских или западнорусских (белорусских, украинских) прозвищ с уменьшительным суффиксом -ич.

Основа «Пакша» — это, скорее всего, прозвище. В русских говорах словом «пакша» называли неуклюжего, неловкого человека, а также того, кто ходит вперевалку. В словаре В. И. Даля «пакша» — это ещё и «лапа, рука, пятерня», но в переносном смысле — «криворукий, косолапый». Таким образом, Пакшей могли прозвать человека за походку или манеру брать предметы. Корень мог быть и диалектным: в некоторых регионах «пакша» означало «мешок» или «кошель», что давало прозвище запасливому или медлительному хозяину.

Версия о происхождении от крестильного имени Пахомий (в просторечии Пахом) менее вероятна. От Пахома обычно образовывали фамилии Пахомов, Пахомовский или Пахомовцев, а «Пакша» — слишком сильное искажение. Куда правдоподобнее, что Пакша — это самостоятельное прозвище, а Пакшич — его патроним в южнославянском или западнорусском варианте, который позже «обрусел» добавлением -ев.

Географически фамилия Пакшичев тяготеет к югу России и Поволжью, но встречается рассеянно. В дореволюционных метрических книгах её фиксировали в основном среди крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией нет — это стопроцентная крестьянская или посадская фамилия, образованная от бытового прозвища.

С точки зрения словообразования, Пакшичев стоит в одном ряду с фамилиями типа Дедичев, Микичев, Степаничев, где суффикс -ич-ев указывает на происхождение от человека, которого уже звали по отчеству на -ич. Такие фамилии редки и почти всегда говорят о том, что предок носителя пришёл из регионов, где патроним на -ич был нормой (Белоруссия, Украина, Балканы), а потом ассимилировался в великорусской среде.