Фамилия Палундра — редкий случай, когда основа, скорее всего, восходит к морскому жаргону. «Полундра!» — известный окрик, означающий «берегись сверху», который использовали матросы, чтобы предупредить о падающем грузе. В русский язык слово пришло из голландского (val onder — «падает вниз»). Однако в фамилии мы видим не «полундра», а «палундра» — с буквой «а» в первом слоге. Это не ошибка, а диалектное или просторечное произношение: в южнорусских и украинских говорах безударное «о» часто переходило в «а» (аканье). Так матросское междометие могло стать прозвищем.

Кого так называли? Скорее всего, человека крикливого, резкого или того, кто любил командовать, — моряка, боцмана или просто бойкого парня. Прозвище могли дать и в насмешку сухопутному человеку за его шумное поведение. Суффикс -а в основе типичен для украинских и белорусских фамилий, а также для русских прозвищ, застывших в именительном падеже. Фамилия Палундра не изменяется по родам (она и женская, и мужская), что выдаёт её позднее оформление — скорее всего, в XIX веке, когда фамилии записывали со слов носителей, не переделывая под стандартные модели на -ов или -ин.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, особенно к портовым городам (Одесса, Николаев, Херсон), а также к казачьим областям. Встречается она редко, что объяснимо: прозвище из морского лексикона не было повсеместным, а закрепилось лишь в среде, связанной с флотом или речными перевозками. Других версий происхождения, кроме как от «полундры», не существует — корень не прослеживается ни в славянских именах, ни в географических названиях. Это делает фамилию яркой, хотя и малочисленной.