Фамилия Панайтаки — одна из тех, что с первого взгляда выдаёт свои корни. Она не русская, не славянская и даже не из привычного тюркского или финно-угорского пласта. Это греческая фамилия, причём не просто греческая, а с очень точной географической привязкой: её родина — Понт, историческая область на северо-востоке Малой Азии (современная Турция), где веками жили понтийские греки.

Основа фамилии — греческое мужское имя Панайотис (Παναγιώτης), которое переводится как «всесвятой» и является одним из эпитетов Богородицы. Имя это было чрезвычайно популярно в Понте, и от него образовали множество уменьшительных и патронимических форм. Суффикс -аки (-άκης) — ключевая деталь. Это классический уменьшительный суффикс в новогреческом языке, аналогичный русскому -еньк- или -ушк-. В фамилиях он чаще всего указывает на «сына» или «потомка»: Панайтаки буквально означает «маленький Панайотис» или «сын Панайотиса». В Греции фамилии на -акис особенно характерны для Крита, но в случае с Понтом суффикс мог передавать не столько региональную, сколько семейно-бытовую традицию именования.

История этой фамилии в России неразрывно связана с трагедией начала XX века. После геноцида греческого населения в Османской империи (1914–1923) и последовавшего за ним обмена населением тысячи понтийских греков бежали в Грецию и в страны бывшей Российской империи. Панайтаки осели в Краснодарском крае, Ставрополье, Ростовской области, а также в Грузии и Абхазии. В советских документах фамилию часто русифицировали, убирая конечное -с, которое в греческом языке является показателем именительного падежа мужского рода, — так появился вариант Панайтаки вместо исходного Панайтакис.

С точки зрения словообразования, Панайтаки — фамилия без типичных русских суффиксов принадлежности (-ов, -ев, -ин). Она осталась «неприсвоенной», то есть не склонялась по падежам как русская (хотя в разговорной речи её часто склоняют: «у Панайтаки», «с Панайтакой»). Встречаются варианты написания с одной «й» (Панатаки) или с двойной согласной, но основная форма закрепилась именно как Панайтаки. Это фамилия, которая не говорит о ремесле или сословии предка, но зато точно указывает на его этническое происхождение и трагический маршрут семьи — из Понта через эмиграцию в советское Закавказье и Причерноморье.