Фамилия Панчугина — женская форма фамилии Панчугин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Панчуга. В основе, скорее всего, лежит диалектное слово «панчуга» или «панчуг» — так в некоторых русских говорах, особенно на севере и в Сибири, называли неуклюжего, неповоротливого человека, увальня. Возможно, прозвище давали медлительному или грузному человеку, и оно закреплялось за ним в быту.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от основ на -а/-я: Панчуга → сын Панчуги → Панчугин. Такая модель была распространена в XV–XVII веках среди крестьян и посадских людей, когда фамилии ещё не были закреплены окончательно. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён и прозвищ на твёрдый согласный, форма на -ин характерна для имён с окончанием на мягкий или шипящий звук.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским корнем «панч» (пять) через прозвище, данное человеку с какой-то «пятёркой» в имени или жизни, но в русской среде такое объяснение выглядит натянутым. Основная гипотеза — чисто славянская, от бытового прозвища по внешности или характеру.

Географически фамилия Панчугин встречается не повсеместно, а тяготеет к регионам Русского Севера и Поволжья, где диалектное слово «панчуга» было в ходу. В архивных записях XVII века можно встретить крестьян с этим прозвищем в Вятской и Архангельской губерниях. Таким образом, предки носительницы фамилии, скорее всего, были вольными или государственными крестьянами, а не дворянами — фамилия не попала в родословные книги высшего сословия.

Фамилия Панчугина не уникальна, но и не массовая: в современной России её носят несколько сотен человек. По сравнению с однокоренной фамилией Панчуков (от «панчук» — уменьшительная форма) она сохранила более архаичную, прямую основу без уменьшительного суффикса, что может говорить о более раннем закреплении прозвища.