В основе фамилии Панекин, скорее всего, лежит имя Панека – производная форма одного из таких греческих имен, как Пантелеймон («всемилостивый»), Панкратий («сильнее всех»), Панфил («общий друг»). Согласно другой гипотезе, фамилия Панекин образована от прозвища Панека, которое восходит к нарицательному «пан». Поэтому данное прозвище могло указывать на этническую принадлежность предка. При образовании славянских фамилий использовались суффиксы принадлежности -ов/-ев, -ин. Таким образом, потомок человека, которого звали Панека, со временем получил фамилию Панекин. Так, в Книге памяти Курской области упоминается военнослужащий Панекин Кузьма Филиппович, родившийся в 1916 году в селе Деменино Хомутовского района Курской области.