Фамилия Панекин в своей основе почти наверняка хранит имя или прозвище Панека. Так на Руси могли сокращённо, по-домашнему, называть человека, носившего одно из распространённых греческих имён: Пантелеймон («всемилостивый»), Панкратий («сильнее всех») или Панфил («общий друг»). Уменьшительная форма вышла естественной: долгие и торжественные имена в быту сжимались до короткого и удобного Панеки, а от него уже по обычной модели образовали фамилию с суффиксом принадлежности -ин: Панекин, то есть «сын Панеки».

Есть и другая версия, которая уводит в другую сторону. Прозвище Панека могли дать по нарицательному слову «пан». В пограничных с Польшей, Белоруссией и Украиной землях так нередко звали человека, который казался окружающим важным, зажиточным или держался с достоинством, либо же выходца с тех территорий, где слово «пан» было обычным обращением. В этом случае прозвище указывало скорее на происхождение или социальное положение предка, чем на его характер. Обе гипотезы имеют право на существование, но первая выглядит убедительнее: имена Пантелеймон и Панкратий были на Руси широко распространены, и естественных уменьшительных форм от них возникало множество.

Сама словообразовательная модель Панекин — классическая для русских фамилий. Суффикс -ин присоединяли к основам на -а, чтобы указать на принадлежность: чей сын, чей человек. Так рядом с Панекиным стоят в ряду фамилий Ивашкин, Мишкин, Петькин — все они образованы от кратких обиходных форм имён. Разница лишь в том, что имя Панека со временем вышло из употребления, а фамилия осталась и сохранила память о нём.

История фамилии прослеживается по документам. В Книге памяти Курской области упомянут военнослужащий Панекин Кузьма Филиппович, родившийся в 1916 году в селе Деменино Хомутовского района Курской области. Эта запись показательна: она связывает фамилию с конкретной местностью — южнорусскими землями, где как раз и пересекались влияния великорусских говоров и соседних славянских культур. Возможно, именно поэтому у фамилии две версии происхождения: и греческое имя, и польско-украинское «пан» одинаково органично звучат в этом регионе.

Сегодня Панекин — фамилия редкая, но не единичная. Встречается она преимущественно в тех же местах, где жил Кузьма Филиппович: в Курской, Орловской, Брянской областях, а также у потомков переселенцев из этих краёв в Сибири и на Дальнем Востоке. Носителей фамилии нельзя назвать многочисленными, но каждый из них несёт в себе память о том самом Панеке — человеке, чьё имя или прозвище дало начало целому роду.