Фамилия Панакин — яркий пример того, как в русской фамилии соединились два разных возможных корня, и чтобы понять её, нужно присмотреться к суффиксу и ударению.

Словообразовательная модель здесь простая: основа «Панак-» плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на то, что фамилия образована от личного имени или прозвища, отвечая на вопрос «чей?»: сын Панаки. Вопрос в том, что скрывается за основой.

Самая вероятная версия — уменьшительная форма крестильного имени. В русской народной среде имя Панкратий (от греческого «всевластный») часто сокращали до Панак, Панаша или Пана. Суффикс -ак в таких именах (ср. Прохор — Проша — Прошка — Прошак, Макар — Макак) придавал ласкательный или, наоборот, просторечный оттенок. Таким образом, Панак — это домашнее, обиходное прозвище Панкратия, а Панакин — «потомок Панака».

Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, — происхождение от прозвища, связанного с диалектным словом. В некоторых южнорусских говорах «панакать» означало «говорить невнятно, мямлить» или «баловать, нянчиться». В этом случае Панакой могли прозвать человека с неразборчивой речью или чрезмерно заботливого родителя. Однако эта версия уступает первой по частотности: фамилии от канонических имён в России встречаются гораздо чаще, чем от редких глагольных корней.

Географически фамилия Панакин не привязана к одной узкой области, но чаще встречается в центральных регионах России и в Поволжье. Это говорит о том, что её носители — потомки крестьян или мещан, не принадлежавших к высшим сословиям: фамилии на -ин от уменьшительных имён типичны для простонародья.

В написании фамилии есть одна тонкость: ударение падает на второй слог — Пана́кин. Если бы ударным был первый слог (Па́накин), это могло бы указывать на происхождение от слова «пан» (господин, помещик), но в реальности основная масса носителей произносит фамилию с ударением на «а» во втором слоге, что подтверждает связь именно с именем Панкратий.