Фамилия Панакшев происходит от имени собственного, а точнее — от упрощённой народной формы церковного имени Аполлинарий. Это имя древнеримского происхождения и означает «принадлежащий Аполлону». Полное имя было трудным для повседневного произношения, поэтому в обиходе оно сокращалось и видоизменялось. Одной из таких производных форм и стало имя Панакша, которое и легло в основу фамилии.

Разбираем словообразовательную модель. В основе лежит имя Панакша, к которому добавился стандартный русский патронимический суффикс -ев, указывающий на отчество: Панакшев буквально означает «сын Панакши». Встречается и вариант написания Понакшев — с чередованием о/а в корне, которое возникло под влиянием окающих говоров, где безударная «о» произносится и закрепляется на письме отчётливо.

Имя Аполлинарий в русской традиции дало целый веер родственных фамилий, и Панакшев — одна из самых неочевидных ветвей этого генеалогического древа. Родственными по происхождению будут фамилии вроде Аполлонов, Полунин (от сокращённого Полуня) или Полин, но Панакшев выделяется на их фоне сильной трансформацией исходного корня. Здесь мы видим не просто усечение, а перестройку всего звукового облика имени, что типично для деревенской среды, где имя осмыслялось на слух и приспосабливалось к привычной фонетике.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и крестьянские фамилии, к которым, скорее всего, относится эта, закрепились позже дворянских — в основном после отмены крепостного права в XIX веке. Однако сам факт, что редкое церковное имя превратилось в устойчивую фамилию, говорит о давней традиции её бытования в какой-то конкретной местности.

Фамилия Панакшев — памятник живой народной этимологии: она показывает, как книжное, непривычное для слуха имя «перекраивалось» простыми людьми, сохраняя при этом память о древнеримском боге Аполлоне в самом неожиданном облике.