Основой фамилии Панакшев послужило церковное имя Аполлон. Фамилия Панакшев образована от имени Панакша (Понакша - с чередованием о/а, которое возникло в результате влияния окающих говоров) - это упрощенная производная форма древнеримского имени Аполлинарий, что означает "принадлежащий Аполлону". Поскольку имя Аполлинарий было трудно произносимым, возникла упрощенная форма. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Панакша, со временем получил фамилию Панакшев.