Фамилия Панакова — женская форма фамилии Панаков. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, который образован по стандартной русской модели с суффиксом -ов. Этот суффикс, как правило, указывает на принадлежность: Панаков буквально означал «сын Панака» или «человек из рода Панака». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Панак.

Корень «Панак-» ведёт нас в тюркские языки, где слово «панак» (или «панах») означает «защита», «убежище», «покровитель». В тюркской ономастике это известное личное имя: Панах, Панак. Например, в азербайджанском и персидском языках оно имеет значение «приют», «укрытие». У народов Поволжья и Кавказа имя Панак (Панах) было распространено как пожелание ребёнку быть защищённым, находиться под покровительством. Таким образом, человек, которого прозвали Панаком, мог быть либо выходцем из тюркской среды, либо получил прозвище за то, что давал другим защиту и кров.

Версия с чисто славянским корнем менее убедительна. Хотя в русских говорах существует слово «панак» (в некоторых диалектах — «плохой», «негодный»), оно редкое и имеет уничижительный оттенок. Маловероятно, что фамилию образовали от такого прозвища — тюркская этимология и историческое соседство русских с тюркскими народами делают её основной.

Географически фамилия Панаков (и, соответственно, Панакова) встречается в регионах, где исторически был силён тюркский или кавказский компонент: в Поволжье (Татарстан, Башкирия), на Северном Кавказе, а также среди казачества. Встречается она и у русских, но, скорее всего, как наследие тех же тюркских корней, усвоенных в процессе межэтнических контактов. Эта фамилия — пример того, как иноязычное имя или прозвище, войдя в русскую среду, обрастает стандартным русским суффиксом и становится полноценной фамилией.