Фамилия Панекина — женская форма фамилии Панекин, которая образована по одной из самых продуктивных моделей русского языка: с помощью суффикса -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность или родство, отвечая на вопрос «чей?», то есть Панекин — это «сын Панеки» или «человек из рода Панеки». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Панека. Это уменьшительная форма от имени Павел или от имени Пантелеймон, которые в народной речи часто сокращались: Павел превращался в Паню, Панюшу, а оттуда уже в Панеку. Сравните с фамилиями Панин, Панов, Панькин — все они восходят к тому же корню.

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «панека» — так в некоторых говорах называли человека, который любит наряжаться, щеголяет, или же просто «пана» с оттенком пренебрежения. Если это так, то прозвище могло закрепиться за крестьянином, который старался одеваться по-барски, или, наоборот, за тем, кого в шутку величали «паном». В любом случае, фамилия Панекина недворянская, а крестьянская или мещанская: суффикс -ин в русских фамилиях чаще всего встречается именно в простонародной среде, тогда как дворянские фамилии обычно оканчиваются на -ов/-ев.

Географически фамилия Панекин встречается нечасто, но имеет заметные очаги в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Это косвенно подтверждает версию о северном происхождении: в этих краях имя Пантелеймон было очень популярно, а уменьшительные формы вроде Панека — типичны для местного говора. Встречается фамилия и в Поволжье, но уже как результат поздних миграций.

Словообразовательная модель проста: Панека + -ин. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Пане́кин, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый. В целом, фамилия Панекина — это типичный пример того, как народное имя, пройдя через цепочку уменьшительных форм, закрепилось в качестве родового прозвания, и сегодня её носители могут с уверенностью связывать свою родословную с кем-то по имени Павел или Пантелеймон.